La FICH ofrece seis Maestrías: cinco presenciales y una a distancia.
Maestría en Gestión Ambiental
Maestría en Gestión Integrada de los Recursos Hídricos
Maestría en Gestión Sostenible del Agua
Maestría en Ingeniería de los Recursos Hídricos
Maestría en Tecnologías de la Información Geográfica
Maestría en Computación Aplicada a la Ciencia y la Ingeniería