La FICH ofrece seis Maestrías: cinco presenciales y una a distancia.

Maestría en Gestión Ambiental 

Maestría en Gestión Integrada de los Recursos Hídricos

Maestría en Gestión Sostenible del Agua

Maestría en Ingeniería de los Recursos Hídricos

Maestría en Tecnologías de la Información Geográfica

Maestría en Computación Aplicada a la Ciencia y la Ingeniería