La Facultad está organizada académicamente en departamentos, que son grupos unidos por una afinidad disciplinaria y equilibrados en cuanto a la atención de tareas de enseñanza de grado y posgrado, de investigación y transferencia de tecnología. Son dirigidos por un director, quien debe ser profesor ordinario de una asignatura o proyecto de investigación del departamento.
Por su parte, los directores de carreras son designados para perfeccionar y actualizar la propuesta académica de las mismas, a través de una conducción experta en las especificidades disciplinares y comprometida con las misiones institucionales de la Facultad.
Directores de Departamento
| Departamento | Director | Correo |
| Cartografía y Agrimensura | Horacio De Nardo | hdenardo@hotmail.com |
| Estructuras | Vanina Cicchellero | vanina.cicchellero@gmail.com |
| Formación Básica | Elisabet Haye | elihaye@gmail.com |
| Formación Complementaria | Lucila Grand | lucila.grand@gmail.com |
| Hidráulica | Carlos Ramonell | cgramonell@yahoo.com.ar |
| Hidrología | Alejandra Arbuet Moraes | alearbuet@fich.unl.edu.ar |
| Informática | Lucila Romero | lucila.rb@gmail.com |
| Medio Ambiente | Esteban Fornero | elfornero@santafe-conicet.gov.ar |