La Facultad está organizada académicamente en departamentos, que son grupos unidos por una afinidad disciplinaria y equilibrados en cuanto a la atención de tareas de enseñanza de grado y posgrado, de investigación y transferencia de tecnología. Son dirigidos por un director, quien debe ser profesor ordinario de una asignatura o proyecto de investigación del departamento.
Por su parte, los directores de carreras son designados para perfeccionar y actualizar la propuesta académica de las mismas, a través de una conducción experta en las especificidades disciplinares y comprometida con las misiones institucionales de la Facultad.
Directores de Carrera
| Carrera | Director | 
| Ingeniería Ambiental | Dr. Claudio Passalía | 
| Ingeniería en Recursos Hídricos | Dr. Carlos Scioli | 
| Ingeniería en Informática | Ing. Horacio Loyarte | 
| Ingeniería en Agrimensura | Ing. Wilfredo Pozzi | 
| Ingeniería en Inteligencia Artificial | Dr. Leandro Di Persia |